Linneo también trató de agrupar a algunos géneros en familias que se podían considerar "naturales" (la idea de que existían familias naturales data de Pierre Magnol en 1689[48] ), si bien no les otorgaba una descripción, y para 1751 había reconocido 67 familias (Linneo 1751[46] ), dejando muchos géneros sin ubicación. Linneo buscaba caracteres que fueran encontrados en todos los miembros de cada familia, pero falló en su búsqueda aún en las más "naturales" de las familias, como Umbelliferae.
Linneo también agrupó a los grupos naturales en órdenes y clases artificiales, sólo útiles para ordenar los grupos naturales de forma que sean fáciles de encontrar en una lista o un herbario. Los caracteres que utilizó para ello fueron el número de estambres y el número de estilos y estigmas. Por ejemplo, en el orden Pentandria Monogyna ubicó a los géneros Datura y Verbascum, que tienen 2 carpelos y 1 único estilo.
Desde entonces hasta 1789, a varios autores, como a Michel Adanson (1763-1764[49] ), se les hizo evidente que los caracteres variaban aún dentro de los grupos "naturales", concluyendo que no hay caracteres esenciales para definir a un grupo, y que los grupos naturales deben ser definidos sólo mediante un conjunto de caracteres, de los cuales la mayoría, pero no necesariamente todos, estarán en cada especie del grupo.
En 1789, Antoine-Laurent de Jussieu en su libro Genera plantarum[50] describió tanto géneros como familias de plantas y puso a estas últimas en clases. Su formación de especies, géneros y familias fue exitosa, y esta fundación jussiana es la que básicamente se conserva hoy en día para la clasificación de las plantas, si bien con el tiempo fueron agregadas familias, los límites de las familias existentes en ese libro fueron modificados, y fueron agregadas más categorías, como la de orden entre familia y clase, y filo y reino por encima de la clase.

Página de la obra de Linneo Systema naturae en donde incluye a Homo entre los animales.
Con respecto a los animales, en 1758 Linneo publicó la décima edición de su Systema Naturae, en el que listó todos los animales conocidos por él en ese momento y por primera vez los clasificó como había hecho previamente con las plantas, adoptando la nomenclatura binominal. Linneo nombró unas 4.400 especies de animales, incluyendo el Homo sapiens, a pesar de la reticencia que había en la época de considerar al hombre un animal.
De esta forma se delinearon las primeras relaciones entre las especies. Los sistemas de clasificación pueden ser "arbitrarios", si sólo tratan de agrupar los organismos para facilitar su determinación de manera artificiosa (por ejemplo, de acuerdo a su utilidad para los humanos), o "naturales", cuando las jerarquías se establecen en función de sus afinidades en la Naturaleza. La palabra "natural" nunca fue definida científicamente, y en la época de Linneo sólo quería decir que las especies habían sido creadas "naturalmente" parecidas a algunas y disímiles de otras (de hecho, cada científico poseía su propia definición de "sistema natural", que tenía que ver principalmente con cada concepción filosófica del mundo).
En 1778 Lamarck sugirió que los caracteres utilizados por los científicos para dividir los taxones no necesariamente tenían que ser los mismos que la gente utilizara para diagnosticarlos. Él promovió el uso de claves de identificación, libros que permitían a los usuarios no expertos identificar un organismo dado mediante caracteres fácilmente visibles. De esta forma mitigó el conflicto entre los creadores de los sistemas de clasificación, que a medida que aumentaba el conocimiento agrupaban a los organismos en grupos cada vez menos intuitivos, y los usuarios de esos sistemas, que estaban más interesados en su utilidad que en la "naturalidad" de sus grupos.
El término "Taxonomía" (Taxonomie, en francés) fue empleado por primera vez por el biólogo suizo Augustin Pyrame de Candolle a comienzos del siglo XIX. En términos etimológicos estrictos, debe considerarse quizá preferible la forma «Taxinomia», pero tiene un uso muy limitado, casi siempre en traducciones del francés.
Un número de sistemáticos, especialmente en Francia y Alemania, adoptaron el concepto de "espécimen tipo". Estos "tipos" eran plantas que se guardaban en un herbario, que representaban la forma más común del grupo, o la forma más "perfecta" (estos autores consideraban la simetría radial y la bisexualidad más perfectas que las demás formas, por lo que se ha dado el caso de que guardaran mutantes como ejemplar tipo).
Por varias décadas después de la edición de los libros de Linneo, proliferaron los nombres para animales y plantas, y muchas veces hubo más de un nombre para una especie dada (diferentes nombres para el mismo taxón son llamados "sinónimos"). Cuando así era, el nombre de uso común era normalmente el más descriptivo, o simplemente el utilizado por la autoridad más eminente del momento. A esto se sumaba que algunos nombres de géneros y algunos epítetos específicos eran compuestos por más de una palabra. Esta falta de estabilidad nomenclatural hizo peligrar el logro de Linneo de una única clasificación para la comunicación, y eso llevó a, en 1813, la adopción de un código para nombrar a las plantas, llamado Théorie Elémentaire de la Botanique ("Teoría Elemental de la Botánica") donde se reglamentara cuál era el nombre válido para cada taxón. Por lo mismo y para los animales, en 1842, se adoptó un código de reglas formuladas bajo el auspicio de la British Association for the Advancement of Science ("Asociación Británica para el Avance de la Ciencia"), llamado el Strickland Code ("Código de Strickland"). Los dos Códigos definirían las primeras reglas de Nomenclatura, con el objetivo de obtener un solo nombre válido para cada taxón. La razón por la que fueron realizados dos códigos en lugar de uno solo es que los expertos en Botánica y los expertos en Zoología trabajaban con poco conocimiento el uno del otro, por lo que resultaba difícil que se reunieran para la creación de un único Código.

Taxonomía y evolución [editar]

Diagrama dibujado por Charles Darwin en El Origen de las Especies.
Antes de que existiera la teoría de la evolución, se pensaba a las relaciones entre los organismos de una forma muy parecida a las relaciones entre los países en un mapa. Cuando irrumpió la teoría de la evolución a mediados del siglo XIX pronto se admitió, tal como formuló el propio Darwin, que el grado de parentesco entre los taxones (filogenia) debía ser el criterio para la formación de los grupos. La publicación de su libro El origen de las especies en 1859 estimuló la incorporación de teorías evolutivas en la clasificación, proceso que hoy en día aún no está terminado (de Queiroz y Gauthier 1992[51] ).
El debate entre los partidarios de los sistemas artificiales y los defensores de la construcción de un sistema natural fue uno de los conflictos teóricos más intensos de la biología de los siglos XVIII y XIX, sólo resuelto con la consolidación de la teoría de la evolución, que ofreció el primer criterio demostrable de "naturalidad": la ascendencia común. Mientras más parecidos eran dos organismos entre sí, más cercano era su ascendiente común, y por lo tanto más cercanamente se agrupan en la clasificación. Los organismos que comparten sólo unos pocos caracteres comparten un ascendiente más lejano y por lo tanto son ubicados en taxones diferentes, compartiendo sólo los taxones más altos.
Un paso crítico en este proceso de convertir a los sistemas de clasificación en un reflejo de la historia evolutiva de los organismos fue la adquisición de una perspectiva filogenética, para la cual biólogos como Willi Hennig (entomólogo alemán, 1913-1976), Walter Zimmermann (botánico alemán, 1892-1980), Warren H. Wagner, Jr. (botánico norteamericano, 1920-2000) y muchos otros han hecho valiosos aportes. La Biología Sistemática es la ciencia que se ocupa de relacionar los sistemas de clasificación con teorías sobre la evolución de los taxones.
Hoy en día, el desarrollo de nuevas técnicas (como el análisis del ADN) y las nuevas formas de análisis filogenético (que permiten analizar matrices con una cantidad enorme de datos) están produciendo cambios sustanciales en las clasificaciones al uso, obligando a deshacer grupos de larga tradición y definir otros nuevos. Los aportes más significativos proceden de la comparación directa de los genes y de los genomas. El "boom" de los análisis de los genes de los organismos ha invertido el papel de la morfología especialmente en la Taxonomía de plantas: cuando fue creada y durante muchos años, la Taxonomía era la ciencia que agrupaba a los organismos según sus afinidades morfológicas (y luego también anatómicas, fisiológicas, etc.). Pero hoy en día, cada vez más los organismos son agrupados según las similitudes en su ADN (y recientemente, en segundo lugar, con apoyo del registro fósil y la morfología), y la evolución de los caracteres morfológicos es "interpretada" una vez el árbol filogenético está consensuado. Esta situación enriqueció el campo de la Biología Sistemática, y logró una relación íntima de esta última con la ciencia de la Evolución, relación que antes había sido desatendida por los científicos, debido a la cantidad de imprecisiones que había antes de la llegada de los análisis de ADN en los sistemas de clasificación. En muchas porciones del árbol filogenético, la Taxonomía pasó a ser sólo la subdisciplina de la Biología Sistemática que se ocupa de crear el sistema de clasificación según las reglas, y la "estrella" pasó a ser el árbol filogenético en sí. Los sistemas de clasificación se hacen en colaboración, según el árbol filogenético más consensuado (ver por ejemplo APG II en 2003 para las angiospermas,[52] Smith et al. en 2006 para los helechos[53] ), y hoy en día se utilizan métodos estadísticos para consensuar los nodos del árbol filogenético.

Formalización de las normas: los Códigos [editar]
El que originalmente fuera Théorie Elémentaire de la Botanique en 1813, se convirtió en el International Code of Botanical Nomenclature ("Código Internacional de Nomenclatura Botánica" o ICBN) en 1930, que trata sobre la nomenclatura de plantas y hongos (que trata de diferente manera a los dos grupos mencionados). El que originalmente fuera el Strickland Code formado en 1842, que reglaba los nombres de los animales, fue revisado por la formada International Commission on Zoological Nomenclature ("Comisión Internacional sobre Nomenclatura Zoológica") y renombrado como International Code of Zoological Nomenclature ("Código Internacional de Nomenclatura Zoológica" o ICZN) en 1901. El Código Internacional de Nomenclatura Botánica estableció al año 1753 (el de la publicación de Species Plantarum) como el año en que se inicia la nomenclatura botánica moderna, dejando sin efecto los nombres publicados para las plantas antes de esa fecha. De la misma forma, el Código Internacional para la Nomenclatura Zoológica estableció al año 1758 (el año en que Linneo publicó la décima edición del Systema Naturae) como el año de inicio de la nomenclatura zoológica, dejando sin efecto los nombres publicados para animales antes de esa fecha. Los dos Códigos comparten los mismos "principios de Nomenclatura" que ya fueron descriptos, y se actualizan como resultado de los Congresos Internacionales que se realizan regularmente para tal efecto.
Con el tiempo los bacteriólogos, que se habían atenido al código botánico, desarrollaron su propio Código (Código Internacional de Nomenclatura de Bacterias); y lo mismo hicieron los virólogos (estudiosos de los virus) en el Comité Internacional de Taxonomía de Virus. Actualmente se debate sobre la urgencia de formalizar de manera equivalente la nomenclatura de los genes o las proteínas.

Relación con las taxonomías populares [editar]
A medida que avanzaba la ciencia de la taxonomía en el ámbito científico, dentro del mismo seno de la ciencia se empezó a despreciar el valor de las taxonomías populares, alejando cada vez más a los taxónomos europeos de lo que consideraban sólo "una diversión para mujeres y niños" (por ejemplo ver Coulter 1895[54] ). Fuera de Europa, este desprecio llevó a los científicos muchas veces a desvalorizar los conocimientos que tenían sobre las especies los nativos que poseían un profundo conocimiento de la Naturaleza en el lugar del que eran originarios.
Cuando los europeos descubrieron América y se relacionaron con sus pueblos originarios, la voluntad de dominio de los colonizadores incluso en el terreno intelectual los llevó a desatender esa valiosa fuente de conocimiento.
Los nombres nativos parecen perder toda importancia y repetidamente los expedicionarios los señalan como nombres ilegítimos. Para Antonio de Ulloa: el lenguaje Quechua de los Incas se aproxima más al lenguaje de los niños. Al parecer, los nativos no comprendían las palabras y los conocimientos propios de cualquier sociedad civilizada como Dios, virginidad o inmaculada concepción. Los indígenas americanos tenían innumerables nombres para plantas pero no una única palabra que se pudiera traducir como árbol. Culturas cuya supervivencia dependía del conocimiento y uso de la vegetación circundante, reconocían numerosas plantas de utilidad, sabían cuáles eran sus usos, y le habían dado nombres descriptivos. Sin embargo, es obvio que no compartían con los naturalistas conceptos como especie, género o clase. Para conquistar plantas extrañas, el europeo se debe deshacer de contingencias locales y fabricar tipos ideales conformes con el sistema de clasificación europeo.[55]
No obstante, el conocimiento tradicional de las culturas primitivas de las especies biológicas locales ni fue totalmente despreciado ni ha dejado de ser utilizado hasta la actualidad, tanto con criterios antropológicos como para la investigación farmacéutica. La adecuación o no de las taxonomías tradicionales al criterio científico ha sido objeto de algunas investigaciones (a veces se identifican como idénticas especies distintas, a veces se identifican como distintas especies idénticas).[56]